Dentro de las 21 mil hectáreas que comprenden los límites geográficos del desarrollo turístico de Huatulco, el Instituto Nacional de Antropología e Historia ha identificado la existencia de 74 sitios arqueológicos, que hablan de la alta asentamientos más antiguos del área se encuentran concentrados en los márgenes del río Coyula, en las que la existencia de agua permanente y de tierras limosas y bajas, hacían posible una subsistencia segura. Resulta interesante hacer notar que en el área se han localizado también sitios denominados "Concheros ", porque los basamentos piramidales están rellenos con miles y miles de conchas que denotan una febril actividad marina.densidad de población de esta zona en la época prehispánica. Los

 

En el post-clásico se erigieron en la región puntos fortificados que revelan las rutas comerciales del momento y existieron en la zona pequeños señoríos que mantuvieron intercambios con mixtecos, chatinos y zapotecos principalmente.
Las Cartas de Relación, señalan que poco antes de la llegada de los españoles, Huatulco estuvo sujeto al señorío mixteco del cacique de Tututepec, a quien tributaban oro en polvo y mantas de algodón.
Tututepec alcanza su máxima importancia al inicio del post-clásico mesoamericano (siglo XI), bajo el período del más famoso, popular y poderoso de los monarcas mixtecos: "8 Venado Garra de Tigre", que unificó bajo un solo mando a los diversos señoríos de la mixteca alta y de la mixteca de la costa y construyó un sólido imperio a través de brillantísimas campañas militares, en la que incursionó en el valle de Puebla, en la costa de Occidente e incluso brindó importantes auxilios a su contemporáneo el rey de Tula, "4 Tigre"; quien  recibió en esa ciudad y en señal de reconocimiento, le otorgó el más alto rango, de Tecutli o Gran Señor.

Esta información permite apreciar las intensas relaciones entre las diferentes culturas del México prehispánico.
La primera referencia histórica sobre la fundación de Huatulco la ofrece Don Fernando de Alba Ixtlixochitl,(Historia de la Nación Chichimeca, probablemente escrito entre los años 1610 y 1640, por el notable historiador, Fernando de Alva Ixtlilxóchitl (1575?-1650) quien dice que "... saliendo los toltecas de su Patria, pasaron por California, cruzaron la mar de Cortes, tocaron las costas de Jalisco y desembarcaron en Huatulco" …para después trasladarse a Tochtepec (hoy Tuxtepec) y de ahí a Tulancingo, antes de fundar la majestuosa ciudad de Tula, que seria la sede del gran imperio Tolteca.

Gutierre Tibón complementa esta misma idea, porque al referirse a uno de los últimos caciques de Tututepec dice de él: "Coatxintecutli; venerable Señor Serpiente, se enorgullecía de descender de los toltecas y conservar ufano su nombre náhuatl, señalando además que en el siglo XV: en sus dominios había una ciudad en la que aún se hablaba náhuatl: el puerto de Huatulco. Se trataba desde luego, de un náhuatl antiguo, pero un huatulqueño podía entenderse perfectamente con un azteca de Tenochtitlán..."
Manuel Martínez Gracida, por su parte nos habla de un período de dominación zapoteca, al referirnos que los caciques de Amatlán, Miahuatlán y Coatlán pusieron a disposición de Biciagache un total de 4,500 guerreros con el objeto de conquistar Huatulco. Con la captura del puerto, los zapotecas se posesionaron de los territorios del oeste y fundaron Pochutla, Loxicha y Tonameca, hasta confinar con el reino de Tututepec.
Iturribarría registra también una invasión azteca, al explicar que fue Axayácatl, sucesor de Moctezuma Ilhuicamina, quien incursionó en la zona de Tehuantepec y parte de la costa, alcanzando Coatzacoalcos por el Norte y Huatulco por el sur. Pese a estos logros -señala el historiador- las huestes de Moctezuma Ilhuicamina, no intentaron nada en contra de los zapotecas de Zaachila, ni contra los mixtecos de Tututepec.

 

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